由于所得税汇算清缴研发费用加计扣除时，研发项目在科委备案不是前置程序，如果汇算清缴后知道有项目备案未通过，该如何处理？

 按照您的描述，如果不符合规定的研发费，不能加计扣除。如果汇算清缴后知道有项目备案未通过，已加计扣除的费用要调增，补交所得税。

依据国家税务总局公告2015年第97号

六、申报及备案管理

   （一） 企业年度纳税申报时，根据研发支出辅助账汇总表填报研发项目可加计扣除研发费用情况归集表（见附件），在年度纳税申报时随申报表一并报送。

   （二） 研发费用加计扣除实行备案管理， 除“备案资料”和“主要留存备查资料” 按照本公告规定执行外，其他备案管理要求按照《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的规定执行。

   （三） 企业应当不迟于年度汇算清缴纳税申报时，向税务机关报送《企业所得税优惠事项备案表》和研发项目文件完成备案，并将下列资料留存备查：1.自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；2.自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；3.经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同；4.从事研发活动的人员和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明（包括工作使用情况记录）；5.集中研发项目研发费决算表、集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等资料；6.“研发支出”辅助账；7.企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查；8.省税务机关规定的其他资料。