2015年，某国税局稽查局对A贸易公司进行税务稽查时发现：2012年－2014年间，A贸易公司取得东北某地甲、乙、丙、丁等多家企业虚开的增值税专用发票，但所有证据都表明该业务完全真实，特别是有合同流、资金流、票据流、货物流等都能证明经济业务的真实性，因而，税务机关认定相关增值税专用发票为善意取得虚开的增值税专用发票，要求纳税人补缴增值税83万元，同时对纳税人作出了加收税收滞纳金近40万元的决定。

《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）明确规定：“购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。”

《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函〔2007〕1240号）除进一步重申上述规定，即：“纳税人善意取得虚开的增值税专用发票指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款”外，特别强调：“纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条‘纳税人未按照规定期限缴纳税款’的情形，不适用该条‘税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金’的规定。”

因此综合现行的有效政策的规定，可以发现，纳税人取得的专用发票一旦被税务机关认定为善意取得的虚开增值税发票，那么所面临的风险主要就是增值税进项税额不得抵扣（包括进项税作转出处理），有时候也可能会被追缴所抵扣的进项税额，但不得加收税收滞纳金，更不得课处收行政处罚。