根本性的办法是上系统，对每张发票进行“查重”处理。让中小企业上系统明显不现实，基础如此，还可以采取两个方法替代：第一，约定电子发票的最长报销时限，尽可能缩短费用发生后的报销间隔，减少留滞票。第二，用excel表格登记电子发票的发票号台账，方便电子发票报销时查重。